农业节水科技奖的领导机构 是农业节水科技奖奖励委员会。其主要职责是：对奖励工作进行宏观管理和指导，制定、修订奖励办法，筹措奖励资金，组建农业节水科技奖评审委员会和农业节水科技奖奖励工作办公室，审查批准评审结果并授奖。

    农业节水科技奖的评审机构 是农业节水科技奖评审委员会。其主要职责是：对申报材料进行专业组评审和评审委员会评审，推荐获奖项目，进行公示，对异议进行复议裁决。
    农业节水科技奖的办事机构 是农业节水科技奖奖励工作办公室。奖励工作办公室在奖励委员会的领导下，承担农业节水科技奖的日常工作，包括组织申报、接受推荐、形式审查、组织评审、异议处理和公布结果等。

第二届农业节水科技奖奖励委员会名单

名誉主任：

翟浩辉  水利部原副部长

中国农业节水和农村供水技术协会原会长

中国生态文明研究与促进会副会长

主  任：

康绍忠  中国农业节水和农村供水技术协会会长

中国农业大学教授、中国工程院院士

副主任：

罗锡文  中国工程院院士、中国农业机械学会名誉理事长、中国农业工程学会名誉理事长

赵乐诗  中国灌溉排水发展中心主任

魏启文  全国农业技术推广服务中心主任

委  员：

吴普特  西北农林科技大学校长

匡尚富  中国水利水电科学研究院院长

张  程  水利部节约用水促进中心主任

袁寿其  江苏大学党委书记

徐  辉  河海大学校长

梅旭荣  中国农业科学院副院长

杜太生  中国农业大学副校长

张  旭  中国农业节水和农村供水技术协会常务副会长

吕纯波  黑龙江省农业节水中心主任

秘书长：

吴玉芹  中国农业节水和农村供水技术协会秘书长